Чистая серверная система приходит без включённых ролей — это нормально, их добавляют под конкретную задачу через «Диспетчер серверов».
Начните с безопасности: переименуйте встроенную учётную запись администратора, задайте длинный пароль и ограничьте круг адресов, с которых разрешено подключение по удалённому рабочему столу.
Добавляйте роли по одной и проверяйте результат после каждой. Веб-сервер, службы сертификатов, файловый сервер и службы удалённых рабочих столов настраиваются независимо, и так проще найти источник проблемы, если что-то не заработает.
Настройте расписание обновлений через групповые политики или центр обновления. Критические патчи для серверной редакции выходят регулярно, и откладывать их надолго не стоит.
Включите Windows Server Backup и задайте расписание снимков на отдельный диск. Встроенного средства достаточно для системы и файлов; для баз данных настраивайте выгрузку средствами самой СУБД.